libtheora と libx264 がリンクするファイルのリストに載っていなかったのが原因だと分かった. ports/sysutils/xvidcap/work/xvidcap-1.1.4p1/src/Makefile の PACKAGE_LIBS の部分を赤字のように変更すると無事コンパイルできるようになった.
PACKAGE_LIBS = -pthread -L/usr/local/lib -lglade-2.0 -lgtk-x11-2.0 -lxml2 -lgdk-x11-2.0 -latk-1.0 -lgdk_pixbuf-2.0 -lpangocairo-1.0 -lXext -lXrender -lXinerama -lXi -lXrandr -lXcursor -lXcomposite -lXdamage -lcairo -lpangoft2-1.0 -lpango-1.0 -lm -lfreetype -lz -lfontconfig -lX11 -lXfixes -lgobject-2.0 -lgmodule-2.0 -lgthread-2.0 -lglib-2.0 -liconv -ltheora -lx264
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